代谢组学相关数据库(及常用软件)

常用的代谢组相关数据库包括人类代谢组数据库(hmdb)、kegg数据库、reactome数据库等,介绍如下: 人类代谢组数据库(hmdb)是代谢组学中比较流行的数据库之一,包括人类小分子的详细信息体内发现的分子代谢物,不少于79,650个代谢物条目。 smpdb 数据库与 hmdb 链接,包含大约 700 条人类代谢和疾病途径的途径图。 kegg数据库是流行的代谢组数据库之一,包含代谢途径和相互作用网络的信息。 reactome数据库主要收集人体主要代谢途径和重要反应的信息。 massbank数据库主要收集许多高分辨率低代谢成分的光谱。
biocyc 数据库包含途径和基因组数据。 metlin 数据库是一个商业代谢组和串联质谱数据库,包含约 43,000 种代谢物和 22,000 个 ms/ms 谱图。 fiehnlib 数据库是一个商业代谢组数据库,包含约 1000 个保守代谢物的 ei 谱。
nist/epa/nih 质谱库数据库也是一个商业代谢组数据库,包含超过 190,000 个 ei 谱图。 biocyc 数据库收集途径和基因组数据,并且免费提供。 metacyc 数据库全面收集了许多不同生物体的代谢途径和酶的信息,包括 51,000 多篇文章。 mmcd数据库收集了10,000多种代谢物的信息及其ms和nmr数据,其中大部分是拟南芥代谢物。

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